Ở Việt Nam, Tông Nhân phủ bắt đầu có từ thời nhà Trần do mô phỏng theo chế độ nhà Đường và nhà Minh, tên gọi là [Tông Chính phủ], sau cải tên thành [Đại Tông Chính phủ], giữ việc soạn gia phả hoàng tộc. Chức đứng đầu gọi là [Đại Tông Chính], đều do Thân vương đảm nhận, như thời Trần Thánh Tông có Nhân Túc vương giữ chức [Nhập nội phán Đại tông chính], chức vụ rất quan trọng. Thời Trần Thuận Tông, bổ nhiệm Hành khiển kiêm chức này, do vậy [Đại Tông Chính] chỉ còn là hư hàm. Thời Lê sơ mới vào thì bãi bỏ.

Từ thời Lê trung hưng, cơ quan này được gọi là [Tông Nhân phủ] theo quy chế nhà Trần, trực tiếp điều hành là [Tông Nhân lệnh] - một người trong hoàng tộc có cấp bậc cao được Hoàng đế bổ nhiệm. Dưới có [Tả Tông chính] cùng [Hữu Tông chính], rồi [Kiểm hiệu], phẩm trật đều từ Chính tam phẩm trở xuống. Chức [Tông Nhân lệnh] bao giờ cũng dùng người trong hoàng tộc, có trách nhiệm thường xuyên xét tài năng cùng phẩm hạnh của người trong hoàng tộc, sau đó đưa cho bộ Lại chỉ định dùng hay không. Cơ quan này cũng giải quyết các vấn đề kiện tụng trong hoàng thất.

Đời nhà Nguyễn, Tông Nhân phủ chuyên trách các công việc của hoàng tộc, từ việc chọn người kế vị đến việc cắt cử người hầu, do Hoàng đế trực tiếp điều hành. Khi Thiệu Trị Đế lên ngôi, vì tránh húy [Miên Tông; 綿宗], Tông Nhân phủ phải cải thành [Tôn Nhân phủ; 尊人府]. Thời Pháp thuộc, từ năm 1897, Hội đồng Tôn Nhân phủ chịu sự kiểm soát trực tiếp của Toà Khâm sứ Trung Kỳ.

Trong Tôn Nhân phủ thời Nguyễn, đặt lần lượt các chức như sau:

• Tông Nhân lệnh: thời Gia Long thì trên Nhất phẩm;
• Tả Hữu Tông chính: thời Gia Long thì là Chính nhất phẩm;
• Tả hữu Tông nhân: lấy các Hoàng tử có tước Vương hoặc tước Công; coi việc sổ sách, xếp đặt tước lộc và phân chia ân lộc của Hoàng đế.
• Tả Hữu Tông khanh: lấy các người tước Tam phẩm trong hàng Tông Thất; văn võ mỗi hàng 1 người; phụ trách biên soạn sổ sách của Tôn Thất, xét thứ tự thừa ấm, tập ấm, phẩm trật cùng lương bổng.
• Tư giáo: hàm Tòng lục phẩm; là tộc trưởng của các hệ 1, hệ 2, hệ 3, hệ 5, hệ 7, hệ 9; mỗi hệ 1 người. Lấy người trong Tôn Thất đã có quan chức tương ứng mà kiêm sung, nếu không đủ thì nâng lên cho khớp, sau đó mới bổ nhiệm chức này.

Ngoài ra còn có Thừa Biện ty, được quản lý bởi một Lang trung hàm Chính tứ phẩm; Viên ngoại lang hàm Chính ngũ phẩm cùng Chủ sự hàm Chính lục phẩm. Dưới nữa còn có Tư vụ hàm Chính thất phẩm cùng Thư lại, hàm Chính Bát Cửu phẩm. Chức Thư lại được điều động vô phụ tá các [Tư giáo] của các phòng hệ.